Chapitre 2 Préparez-vous pour cet atelier

Tout le matériel de l’atelier se trouve sur github.com/QCBSRworkshops/workshop10. Cela inclut un script R qui rassemble tous les morceaux de code présentés dans ce livre.

Pour cet atelier, nous travaillerons avec les jeux de données suivants :

Pour télécharger ces données, faites un clic droit + enregistrer sur la page qui s’ouvre.

Vous devriez également vous assurer que vous avez téléchargé, installé et chargé les paquets R suivants:

vegan (pour analyses multivariées)
labdsv (pour l’identification d’espèces indicatrices dans l’arbre de régression multivarié)
MASS (pour l’analyse discriminante linéaire)
mvpart* (pour les arbres de régression multivarié)
ggplot2 (pour visualiser quelques résultats)

# Installez les paquets requis
install.packages("vegan")
install.packages("labdsv")
install.packages("MASS")
install.packages("ggplot2")

# installez mvpart de l'archive
install.packages("remotes")
remotes::install_url("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/mvpart/mvpart_1.6-2.tar.gz")

*Le paquet mvpart n’est plus hébergé sur CRAN, mais est toujours disponible dans les archives. Pour installer mvpart, vous pouvez également télécharger la version .tar.gz depuis ici et aller dans l’onglet “Packages” sur le panneau inférieur droit de R Studio, et cliquer sur “Installer les paquets”. Choisissez d’installer à partir d’un fichier d’archives de paquets, et sélectionnez le fichier .tar.gz pour mvpart.

# Chargez les pacquets requis
library(labdsv)
library(vegan)
library(MASS)
library(mvpart)
library(ggplot2)