Chapitre 8 dist()
La ressemblance des communautés est presque toujours évaluée sur la base de données relatives à la composition des espèces, sous la forme d’un tableau de données site par site \(Y_{m,n}\).
Nous pouvons obtenir une matrice d’association \(A_{m,m}\) sous la forme de distances ou de dissimilarités par paire \(D_{m,m}\) (ou de similitudes \(S_{m,m}\)), puis analyser ces distances. Les matrices d’association entre objets ou entre descripteurs permettent de calculer la similarité ou les distances entre objets ou descripteurs (Legendre et Legendre 2012).
Dans R, nous pouvons calculer des matrices de distance ou de dissimilarité en utilisant stats::dist(). Pour plus de simplicité, nous allons le faire sans spécifier d’arguments :
dist(spe)Exécutez dist(spe) de votre côté, et vous devriez observer que la sortie de `dist(spe) est une matrice triangulaire inférieure représentant les associations par paires entre les colonnes de votre matrice originale.
Voyons ce que les commandes ci-dessous nous montrent :
class(dist(spe))## [1] "dist"La sortie de dist() est un objet de la classe dist par défaut. Cet objet est composé d’un vecteur qui contient le triangle inférieur de la matrice de distance, réparti sur les colonnes. Vous pouvez le transformer en matrice avec as.matrix(), comme on le voit ci-dessous :
as.matrix(dist(spe))Notamment, vous pouvez forcer une matrice qui contient des distances (\(D_{m,m}\)) en utilisant as.dist().
Vous pouvez également explorer la structure et les dimensions de notre objet de classe dist et de notre matrice de distance :
str(dist(spe))dim(as.matrix(dist(spe)))## [1] 30 30