Project Details
- Langue :
Anglais - Matériel requis :
R and RStudio - Instruit :
Colloque R 2018 - Contribué par :
Pedro Henrique P. Braga
Méthodes comparatives phylogénétiques en R
Theodosius Dobzhansky a déclaré en 1973 que “rien en biologie n’a de sens si ce n’est à la lumière de l’évolution”. Les méthodes statistiques de phylogénétique comparative sont l’un des moyens qui nous permettent de comprendre les schémas historiques de la vie dans un contexte évolutif. Dans ce cours, je propose de couvrir certaines des familles d’analyses phylogénétiques comparatives de l’évolution et de la corrélation des traits, pour des données discrètes et continues. Mon objectif est de fournir un bref aperçu des méthodes statistiques et phylogénétiques comparatives, afin de permettre aux participants d’explorer eux-mêmes leurs questions de recherche.
Il s’agit d’un court cours/tutoriel que j’ai développé pour aider les chercheurs à couvrir certaines des familles d’analyses phylogénétiques comparatives de l’évolution et de la corrélation des traits, des taux de diversification, ainsi que de la structure des communautés. Mon objectif est de fournir un bref aperçu des méthodes statistiques et phylogénétiques comparatives, afin de permettre aux chercheurs d’explorer eux-mêmes leurs questions de recherche. Une grande partie de l’inspiration pour cet atelier est venue du livre Phylogenies in Ecology, de Marc W. Cadotte et Jonathan Davies, ainsi que des cours et ateliers sur l’écophylogénétique donnés par les Drs Will Pearse, Jonathan Davies et Steven Kembel.
À la fin du cours, les étudiants devraient être en mesure de :
- Lire et interpréter des arbres phylogénétiques ;
- Explorer certaines des méthodes comparatives phylogénétiques les plus couramment utilisées pour :
- Effectuer une reconstruction de l’état ancestral ;
- Adapter les modèles d’évolution aux caractères ;
- Estimer les taux de diversification ;
- Estimer les champs phylogénétiques des clades ;
- Évaluer la structure phylogénétique des communautés.
- Intégrer différentes approches des méthodes phylogénétiques en utilisant R ;
- Être à l’aise pour naviguer dans la littérature primaire sur les méthodes statistiques comparatives.
