Open Science and Reproducibility in R

Science ouverte et reproductibilité en R

Imaginez que chaque article que vous publiez à partir de maintenant pourrait être reproduit par n’importe qui dans le monde. Ou qu’une plateforme vous donne le pouvoir d’intégrer de nouvelles données de manière transparente dans un manuscrit complet avec texte et figures. Dans cet atelier, nous verrons comment travailler de manière ouverte en utilisant R, R Markdown et GitHub. Ces trois plateformes ouvertes nous permettent d’héberger des données, de les analyser, de les visualiser et de produire un manuscrit en un seul flux de travail reproductible. Vous apprendrez à configurer un dépôt dans GitHub et à gérer les branches, à tirer des données de GitHub vers R, à écrire un script R Markdown pour votre manuscrit et à télécharger le script R Markdown dans GitHub pour la reproductibilité. Les avantages d’une science ouverte et reproductible sont nombreux. Lorsque vous travaillez en collaboration, les flux de travail reproductibles permettent aux collaborateurs de contribuer simultanément au projet avec un contrôle de version pour préserver les différentes itérations du projet. Travailler en mode ouvert vous permet également de partager vos recherches plus largement, facilitant ainsi les opportunités de collaboration. À la fin de l’atelier, nous discuterons également du mouvement plus large de la science ouverte, de la manière dont il contribue à faire tomber les barrières économiques dans les domaines de la science et de l’éducation, et de la façon dont vous pouvez y contribuer.

Matériel de l’atelier