Métabarcodage de l'ADN environnemental

par Alexis Carteron et Simon Morvan

Project Details

  • Langue : Anglais
  • Matériel requis : R and RStudio
  • Instruit : Colloque R 2018
  • Contribué par : Alexis Carteron et Simon Morvan

Métabarcodage de l’ADN environnemental

Avec la démocratisation du séquençage à haut débit, l’utilisation de l’ADN comme méthode d’identification est devenue une pratique courante. Les gènes marqueurs (ARNr 16S, ARNr 18S, ITS, etc.) peuvent être comparés à des bases de données et donnent un aperçu des communautés présentes dans vos échantillons. Plus besoin de cultiver, d’isoler et d’identifier sur la base de la morphologie et des réactions chimiques ! Même si le séquençage de l’ADN permet de gagner du temps, le processus complet de transformation des lectures d’ADN brutes en unités taxonomiques exploitables peut être délicat. En raison du renouvellement rapide des techniques bioinformatiques et de la profusion de méthodes disponibles, il peut être difficile de choisir un pipeline. Dans cet atelier, nous souhaitons vous présenter un flux de travail complet et reproductible en R dédié au traitement des séquences d’ADN brutes à l’aide du package DADA2, suivi de l’analyse et de la visualisation des communautés à l’aide du package Phyloseq.

Matériel de l’atelier

  • Le matériel de l’atelier est accessible ici.